※最新バージョンのものよりだいぶ古くなってしまいますが、ここではいまだに筆者が愛用している(苦笑)Photoshop6.0を使って説明します。
1.まずは写真を用意します。

https://matome.naver.jp/odai/2144810491596505401/2144811114002700503
2.Photoshopでプロジェクトを新規作成します。
→【設定】横3×縦4(cm)解像度:300以上

https://matome.naver.jp/odai/2144810491596505401/2144811114002700603
気になるのであれば少し小さめ(2.8×3.8程度)に設定してみても良いかもしれません。
新規プロジェクトが作成されるとピクセル数にして大体354×472(あるいはそれ以上)という数値になるかと思います。
3.用意した写真を、プロジェクトの縦幅に合わせて縮小します。
→メニューより[イメージ]→[画像解像度]

https://matome.naver.jp/odai/2144810491596505401/2144811114002701203
横幅は自動で変更されるので気にしなくて構いません(「縦横比を固定」には必ずチェックを入れる)
「ドキュメントのサイズ」項目もここでは関係ないので無視して下さい。
※もし元の写真の上下を少しカットしたい場合は、縦幅を少し大きめに設定して下さい
4.縮小した写真をコピーし、「手順2」で作成した新規プロジェクトに貼り付けます。

https://matome.naver.jp/odai/2144810491596505401/2144811114002701403
とりあえずこのように貼り付けられました。
5.「移動ツール」で適当な位置へ移動します。

https://matome.naver.jp/odai/2144810491596505401/2144811114002701603
この子は耳があるので少々はみ出してしまいましたが(^_^;)、普通の人間の方であれば(爆)はみ出すことは多分ないと思うので大丈夫かと思います。
6.プロジェクトを一度保存します
PSD形式が一番望ましいですが、JPGやPNG等でも大丈夫です。
その後、コピー元の画像の方は保存せずに閉じてしまって構いません。
保存した方のプロジェクトはまだ使うので、閉じずに残しておきます。
次の手順からは印刷用のフォーマットを作成していきます。
7.印刷用の新規プロジェクトを作成します。
→【設定】横12.7×縦8.9(cm)解像度:300以上

https://matome.naver.jp/odai/2144810491596505401/2144811114002702203
8.背景を適当な色で塗りつぶします。(カットする際のガイド用)
→メニューより[編集]→[塗りつぶし] ※範囲選択は不要

https://matome.naver.jp/odai/2144810491596505401/2144811114002702503
その為ガイドの為に、適当な色で塗りつぶしてみます。ここでは薄い青にしてみました。
(あまり薄い色だと意味が無いので、白と並べてはっきり区別がつく色が良いかと思います)
9.「手順6」で保存した写真を貼り付け、適当に並べます。

https://matome.naver.jp/odai/2144810491596505401/2144811114002702703
頑張って詰めれば8枚入るかとは思いますが^^;
10.保存して完成です!
印刷用にはPC以外でもほとんどの端末で扱えるJPG形式が良いかと思いますが、後々修正等したくなった時の為にもPhotoshop形式(PSD)と、2種類で保存しておくことをおすすめします。
後は家電量販店等で売っているLサイズの写真用紙を用意して印刷するだけです!
■そもそも、Photoshopを持っていないんだけど・・・
Photoshopはとても便利な画像加工ツールですが、コスパ的に初心者が気軽に手を出せるものでもないですよね。
(それゆえに筆者もいまだに大昔の6.0を使っているのですが・・・^^;)
しかし、「Pixlr」というブラウザ上で動作する無料のツールが提供されており、しかもPSD形式に対応している上、操作性もPhotoshopに非常に似ています。
今回紹介した証明写真の自作方法も、Photoshopが無くてもこのツールを使って制作することもおそらく可能です。
詳しい使い方などについては、以下のリンク等が参考になるかと思います。


ここでは1500×1000ピクセル程度の写真を用意してみました。