Google（グーグル）から警告（ペナルティ）がきたら解除した方がいい理由

[サイト全体の一致] セクションには、サイト全体に影響のある対策が掲載されます。
Manual Actions – Webmaster Tools Help

[部分一致] セクションには、サイトの個々の URL やサイトの一部に影響のある対策が掲載されます。アクセスの多いサイトのページについては、手動による対策が行われることは珍しくありません。特にそのサイトが、他のユーザーやビジネスのプラットフォームとして機能し、サイトまたはユーザーがコンテンツを作成、共有することがある場合には、そうした事態が発生しやすくなります。問題が他と関連のないような孤立したものである場合、影響を受けるのは個々のページ、サイトの一部、サイトへのリンクであり、サイト全体は影響されません。
Manual Actions – Webmaster Tools Help

理由: Google がその対策を取った理由です。
Manual Actions – Webmaster Tools Help

対象: 手動による各対策の影響を受ける、サイトの対象部分です。手動による対策の影響を受ける URL やセクションが 1,000 か所を超える場合、最初に見つかった 1,000 件のみが表示されます。
Manual Actions – Webmaster Tools Help

PageRank や Google 検索結果でのサイトのランキングを操作することを意図したリンクは、リンク プログラムの一部と見なされることがあり、Google のウェブマスター向けガイドライン（品質に関するガイドライン）への違反にあたります。これには、自分のサイトへのリンクを操作する行為も、自分のサイトからのリンクを操作する行為も含まれます。
Link schemes – Webmaster Tools Help

つまり、お金でリンクを購入したり、リンク集に登録したりするとアカンということですね。

愛妻家でサプライズの花束をささげたり、頼まれていなくても家事を引き受けたり、家族の話をじっくり聞く時間を作るような暖かい人柄のようです。
http://textlinks.jp/seo_word/matt_cutts.php

一応、マット・カッツ氏についても触れておきましょう。

■ペナルティ解除手法手順インデックス

1：まずは被リンク元URLをリスト化
2：不自然と判断された（らしい）リンクを抜粋
3：リンクの削除依頼
4：削除できないリンクを否認申請
5：待機期間（おおよそ2～3週間程度）
6：再審査リクエストの実施
7：リクエストへの返信（返答まで約3～30日程度）
万が一に備える！GoogleのSEOペナルティ解除手順まとめ（テンプレート付） | Find Job ! Startup

再審査をしてもダメだった場合は1～5を繰り返します。