※6/17追記　収益化しても良いの？ホロライブとにじさんじの任天堂ゲーム収益化問題についてのまとめ

いちからは、任天堂との間で、任天堂の著作物の取扱いに関して、 包括的な許諾を受けることに合意しました。
にじさんじによる任天堂のゲーム著作物を利用したコンテンツ投稿と収益化が可能に – 電撃オンライン

任天堂は“ネットワークサービスにおける任天堂の著作物の利用に関するガイドラインを公表しており、同ガイドラインを遵守することで、 任天堂のゲーム著作物を利用したコンテンツ投稿を許諾しています。
一方で、同ガイドラインにおいては、法人等の団体は対象外とされていますが、いちからはマルチチャンネルネットワークとして、任天堂の著作物の取扱いに関する包括許諾を受けることで、任天堂と合意しました。
にじさんじによる任天堂のゲーム著作物を利用したコンテンツ投稿と収益化が可能に – 電撃オンライン

任天堂のガイドラインでは、「個人」でない実況者が任天堂ゲームで収益化することは許可されていないとガイドラインに書かれている。

Q9.法人が、任天堂のゲーム著作物を使った投稿をすることは、このガイドラインの対象ですか。

A9.このガイドラインは、個人であるお客様による任天堂のゲーム著作物の投稿を対象としています。法人等の団体による投稿や、投稿者が所属する団体の業務として行う投稿は、このガイドラインの対象ではありません。ただし、別途契約が締結された以下の法人に所属する投稿者は、所属する団体の業務として行う投稿であっても、個人であるお客様と同様に、このガイドラインに従って、任天堂のゲーム著作物を利用した投稿を行うことができます。（2020/6/1 追記）

UUUM株式会社（吉本興業所属を含む）
株式会社ソニー・ミュージックマーケティング
株式会社東京産業新聞社（ガジェット通信）
いちから株式会社
ネットワークサービスにおける任天堂の著作物の利用に関するガイドライン｜任天堂

youtuber事務所大手であるUUUMがこれまでは記載されていたが、6/1にいちからが追記された。

ここでの「収益化」とは、主にYoutubeプラットフォーム上での「スーパーチャット」「広告収入」などを指す

人気なVtuberはこの収益やグッズ販売などでの収入で生計を立てているものが多い。

これ、当然対立軸であるホロライブはどうなんだ、ということになるんですが、ホロライブが任天堂に許可取ってますよ～っていう確たる証拠がないんですよね。
ホロライブのメンバーは「あつまれ　どうぶつの森」や「大乱闘スマッシュブラザーズ」などのゲームをガッツリ配信している上、スーパーチャット（投げ銭、お金をライバーに渡せる収益モデルの一種です）も解禁しています。
【Vtuber】ホロライブの運営のカバー株式会社くんさぁ。｜dschan｜note

確たる証拠がないというのがポイント

今回、「いちから」が正式に任天堂から許可を得たことで、これまで任天堂ゲームの配信で収益化を行っていた「ホロライブ」はどういう立場なのかが不明になってしまった。

こちらは任天堂のゲームソフト「あつまれ動物の森」をプレイしているが収益化を行っている。
しかし概要欄に（※あつ森収益化解禁になりました）との記載が

個別に許可を取っていたのなら白、一部は取っていたけど大半を無断で収益化していたとしたら黒といったところでしょうか。公式からの声明を待つしかなさそうです。

内容をざっくりとまとめると、
「ライバーを個人事業主と認識しており、任天堂ゲームを利用した配信は法人として個別に許諾を得ていなかった」
「任天堂以外でも一部の個別許諾を除き無許諾で配信を行っていた」
「現在、任天堂を含めた各企業の著作物の権利利用について交渉中」

つまり、残念ながら黒だったという事ですね。
なお6/9以降の各ライバーの配信では概要欄に使用許諾が記載されるようになった。
しかし、現在でも「これは収益化してもよかったの？」と疑いがかけられている配信はいくつか存在しており、これからの対応にも注目していきたいところ