「豚肉」や「鳥肉」を食べる時に完全に火を通さなければならない理由とは

食中毒菌は主に肉の表面に付着していることから、肉の表面と側面をしっかり焼けば、牛ステーキをレア（中が赤い状態）で食べても基本的には問題ありません
FAQ 054

ただし、食中毒菌は時間とともに肉の表面から内部に浸透していくため、子供、高齢者や抵抗力の弱い方は、中までしっかり焼いて食べましょう。

しかし、牛レバーに関しては生で食べず、中心部まで十分に加熱して食べましょう。
牛レバーを生食するのは、やめましょう（「レバ刺し」等） ｜厚生労働省

理由として、食中毒を起こす細菌やウイルスは基本的に「肉」にはおらず消化管の中にいます。消化管の中というのは体外ですね。この細菌らが解体作業の時に漏れ出て食肉の表面に付着してしまう
モカの腹: どうして豚肉や鶏肉はだめなのに牛肉は生でも食べられるの？

よって、肉の周りだけ焼けばいいのです。

鶏肉を食べる時はピンク色の部分が見えなくなるまでしっかりと火を通しましょう。特に、小さい子ども、高齢者、抵抗力の弱い方は、生では食べないように、また食べさせないようにしましょう。
農林水産省/鶏肉はしっかり火を通してから食べましょう

豚肉の焼き方に「レア」がないのは、牛肉より寄生虫がつきやすく、細菌によって傷みやすいから。必ずよく火を通して食べましょう。
2004年5月号：豚肉の底力！ ＞ コラム・食と健康 ＞ 事業内容 ＞ 日京クリエイト

一般に流通している牛肉、豚肉、鶏肉などの精肉やレバーなどの内臓肉は加熱調理用です。生食用食肉として国内に流通しているのは、馬肉、馬レバーのほか、一部の牛肉のみ
肉はよく火を通して食べましょう〜肉の生食は危険です〜：練馬区公式ホームページ

「生食用」の表示がなされて流通しているものを言います。現在の流通量はわずかです。

豚肉中の「有鉤条虫」だと眼球や脳に寄生するなど重篤な症状になりかねないようです。
モカの腹: どうして豚肉や鶏肉はだめなのに牛肉は生でも食べられるの？

体長2～3mの有鉤条虫が小腸に寄生するものです。生の豚肉を食べ、肉内の幼虫を摂取して感染します。

以前、トキソプラズマという原虫に感染している豚が多く見られました。トキソプラズマは、妊娠中の女性が感染すると、胎児の健康状態に悪影響を与えたり、悪くすると流産に至る場合もある
http://r25.yahoo.co.jp/fushigi/wxr_detail/?id=20131017-00032291-r25

現在は殆どみられないということです。

豚はその育成中にE型肝炎ウイルスに高率に感染します。通常出荷される6ヶ月齢になると消失していますが、一部の個体では6ヶ月齢時においても糞便と肝臓にE型肝炎ウイルスが残存している
佐賀県：豚レバーの生食は絶対にやめてください

潜伏期間は2～9週間（平均6週間）で、発熱、悪心、腹痛等の症状が急速に始まり、黄疸を引き起こします。また、重症化し死に至ることもあります。

原因となるサルモネラ菌は多くの動物の腸内に存在し、サルモネラ菌に汚染された肉や食品を食べることで感染します。当然豚もサルモネラ菌を保菌しており、豚のサルモネラ症は世界的に増加している
島根県：豚の生食は危険です！！

原因食品を喫食後、８時間から７２時間で腹痛、水様性下痢、発熱（３８℃近くの高熱が特徴）を呈します。

エルシニア食中毒は健康な豚の２０％程度が保菌していると言われています。汚染された肉を加熱不足で食べたり、二時汚染等で感染します
島根県：豚の生食は危険です！！

原因食品を食べた後、１週間程度で胃腸炎症状を呈しますが、敗血症をおこしたり、症状は様々です。

生で食べないようにしてください。 サルモネラ菌やカンピロバクターによる食中毒の危険があります。鶏肉の保菌率は50～70％と高いとされています。どちらの菌も加熱に弱く、75℃以上1分間以上で死滅するので加熱して召し上がってください。
とりにく・鶏肉・鳥肉 | 食と健康 | いいなクラブ

鳥は特に保菌率が高いとされています。

ギランバレー症候群は、様々な細菌やウイルスなどが原因となりますが、特にカンピロバクターとの関連性が高く、免疫のシステムによって神経が攻撃されて起こります（自己免疫応答）。年間約2,000人が発症している
港区公式ホームページ／鶏肉はよく加熱して食べましょう

鶏肉の20%がサルモネラ菌に汚染されており、そのうち40%が抗生物質が効かない耐性菌。肉質の内部にも菌の生息が認められる
モカの腹: どうして豚肉や鶏肉はだめなのに牛肉は生でも食べられるの？

三重県は８日、同県伊勢市の居酒屋「串焼き鉄板鍋もつまる伊勢酒場」で、宴会メニューを食べた１８～２１歳の大学生３１人が下痢や腹痛などの食中毒症状を訴え、うち５人からカンピロバクター菌を検出したと発表した
馬刺し、牛刺し（ユッケ）、そして鶏刺し　なぜ人は生食が好きなのか？　習慣の問題か？ 伝右の日記・日々考えること感じること/ウェブリブログ

鶏の生食は近年全国に広がっており、それに伴って食中毒も毎年５００件前後発生している。
馬刺し、牛刺し（ユッケ）、そして鶏刺し　なぜ人は生食が好きなのか？　習慣の問題か？ 伝右の日記・日々考えること感じること/ウェブリブログ

若い人に多い傾向にあるようです。

カンピロバクター食中毒の発生件数は、この10年間ずっと上位を占めています。2009年度に当所で検査した本食中毒の集団発生事例は全部で29件ありました。ほとんどが飲食店で鶏わさや鶏さしみ、タタキ、レバーを生で食べたことが原因です。
大阪府立公衆衛生研究所ホームページ ／感染症情報センター／ものしり講座

「ブタの生き血」が大好物の男性、脳内から寄生虫19匹発見
「ブタの生き血」が大好物の男性、脳内から寄生虫19匹発見—中国紙 （Record China） – Yahoo!ニュース

めまいと視力低下に悩む青年の大脳には、なんと19匹の寄生虫がいた。彼の大好物のブタの生き血が原因だという。
「ブタの生き血」が大好物の男性、脳内から寄生虫19匹発見—中国紙 （Record China） – Yahoo!ニュース

診断名は神経嚢虫症です。有鉤条虫に寄生されたブタの肉や血を、完全に火を通さずに摂取することで、人に感染する。これらを食べた人間の血に幼虫が入り、巡り巡って脳に達する
「ブタの生き血」が大好物の男性、脳内から寄生虫19匹発見—中国紙 （Record China） – Yahoo!ニュース

新鮮な食品や質の良い食品を取り扱っているか、衛生的か、冷蔵・冷凍ケースがしっかり冷えているかなどの点に注意してお店を選びましょう。
農林水産省/これで解決！食中毒予防のポイント

サルモネラ、病原性大腸菌、カンピロバクターなどの食中毒菌の多くは、75℃以上1分間の加熱でほとんど死滅する（ノロウイルスは85℃以上1分間）。
｢知る｣ことで食中毒から身を守る 第2回 食中毒予防のために「敵」を知ろう｜ニチレイ[こおらす]

加熱調理品は十分に加熱を（目安は中心部の温度が75℃で1分間以上）。

食材や食器にさわる前はもちろん、生の肉・魚介類にさわった後や、料理の途中でトイレに行ったり、ゴミ箱にさわったり、おむつ交換したり、ペットにふれた後には忘れずに手を洗いましょう。
農林水産省/これで解決！食中毒予防のポイント

食品を冷蔵庫に必要以上に詰めすぎると適正な温度で保存できず細菌汚染に繋がるので注意しましょう。また肉、魚などの生鮮食品はビニール袋や容器に個別に入れ、冷蔵庫内の他の食品にかからないようにしましょう。
湘南高井内科

料理を途中でやめてそのまま室温で放置すると、細菌が食品についたり増えたりするおそれがあるので、途中でやめる時はその都度冷蔵庫に入れるよう心がけましょう。
湘南高井内科

残った食品を温め直す時も十分に加熱を。時間が経ち、ちょっとでも怪しいと思ったら思いきって捨てる。保存は清潔な器具や食器で。
食中毒予防6ポイント／千葉県