ロックマンX
弱点：ローリングシールド
元第6艦隊所属の、タコ型レプリロイド。銃火器で全身を武装し、狙った獲物は決して逃さないスナイパー。常日頃より自分達レプリロイドより弱い人間達を守る事に疑問を感じており、それがためシグマの反乱軍へと身を投じる事となる。蜂起後は海上都市を制圧した。誘導魚雷「ホーミングトーピード」を特殊武器とし、これを大量に発射して攻撃してくる。必殺技は触手で渦を発生させて相手を引き寄せ、エネルギーを奪い取る「エナジードレイン」。ある方法で触手を切り落とす事が可能。身長238cm、体重182kg。
弱点：ブーメランカッター
カメレオン型レプリロイド。如何なる場所にも適応可能な保護色能力を持つ、第9レンジャー部隊きっての実力者だった。野心家で毒舌、狡猾な性格のため、人望が薄い嫌われ者。己の名を高め、自分を評価しなかったハンター組織に復讐する為シグマの反乱軍へと身を投じる事となる。
背景に溶け込むことが出来、突如姿を現して攻撃する。特殊武器「カメレオンスティング」は尾から発射される3発の矢状のエネルギー弾。必殺技は長い舌を伸ばして相手を攻撃する「アイアンタング」で、その他天井の針を落として攻撃してくる。身長177cm、体重77kg。
弱点：エレクトリックスパーク
アルマジロ型レプリロイド。第8機甲部隊の元隊長。鉄壁の防御力を誇るボディシールドである特殊武器「ローリングシールド」を纏う。武人肌の堅物で、イレギュラーハンター部隊の指揮権を全てシグマに掌握された事から、彼を上官と判断。「上官の命令は絶対」として反乱に参加する。蜂起後は兵器の原料の採れる鉱山を占拠した。体を丸めての体当たり攻撃を基本とする。ガーディングに入ると敵からの攻撃を跳ね返す。弱点武器でシールドを剥ぎ取る事が可能。身長194cm、体重232kg。
弱点：ストームトルネード
ナウマン象(海外版ではマンモス)型レプリロイド。元第4陸上部隊隊長として中東で戦い、動きこそ鈍重だが、圧倒的な火力を有し、その武力を以って第4陸上部隊を束ねていた。シグマの反乱に加わったのは「自分の実力を今まで以上に試す機会」と判断したためであり、反乱に加担してからは工場地帯を大規模な兵器生産工場にしようとした。鼻からオイルを撒き散らし、火の玉を発射する特殊武器「ファイヤーウェーブ」でそれを炎上させる。また、巨体を活かしての「ジャンププレス」を必殺技とする。身長321cm、体重327kg。
弱点：カメレオンスティング
鷲型レプリロイド。第7空挺部隊の元隊長を務めた。人望と正義感に厚く、当初は反乱を起こしたシグマとも対立していたが、直接対決で敗れ、その軍門に降ってしまう。その後、彼の意図とは裏腹に第7部隊旗艦であり彼の乗艦であるデスログマーは反乱軍の空中要塞となり、空路を遮断するため空港を制圧、エックスらの前に立ちはだかる事となる。羽ばたきと、特殊武器「ストームトルネード」での突き落とし攻撃の他、上空からのダイビングアタックを必殺技とする。
身長250cm、体重135kg。
弱点：ショットガンアイス
マンドリル型の、第17部隊所属の特A級ハンター。隊長であったシグマに従う形で反乱に参加し、その圧倒的な戦闘力で巨大発電所を占拠。制圧後のことは部下に任せ、自分はごろ寝を決め込んで好物の電気を貪り食っているが、いざ戦いとなれば勇猛果敢な戦士へと変わり、特A級のランクに恥じない腕前を見せる。その異名の示す通り、必殺技であるダッシュパンチの威力は強力であり、その他に特殊武器「エレクトリックスパーク」を使用する。身長305cm、体重294kg。
弱点：ホーミングトーピード
クワガタ型レプリロイド。マンドリラーと同じく、第17部隊に所属していた。気分屋で残忍、冷酷な性格の持ち主で、シグマの反乱にも「こっちの方がおもしろそう」と言う実に短絡的な理由で参加。行動が素早く、人間はおろかレプリロイドでさえ目に見えない速さで動く。蜂起後は都市のシンボルになるはずだったタワーを制圧して、侵入者を迎え撃つ要塞に作り変えた。高速移動から、特殊武器「ブーメランカッター」を投げてくる攻撃の他、敵を捕らえて天井に投げつける必殺技「デッドリードライバー」がある。
身長242cm、体重94kg。
元イレギュラーハンター第17精鋭部隊所属。エックスやゼロの元同僚。電子頭脳回路に異常があり、イレギュラー以上の残忍さを持っているため拘束されていたが、反乱により解放される。上司であるシグマの計画に乗り、ライドアーマーを駆使して破壊行為を行い、エックスたちを追い詰める。
シグマステージ1のボス。雑魚メカニロイド・クラッシャーの大型版として開発された、蜘蛛型の大型メカニロイド。あみだくじのようにランダムで張られるレールの上を高速移動して体当たりを仕掛ける他、体内で生産した小グモメカ（プチパイダー）を発射して攻撃する。装甲そのものは頑丈だが、設計上のミスで、地面に衝突する際に弱点を露出するようになってしまっている。
シグマステージ2のボス。壁画のメカニロイド。シグマがイレギュラーハンターだった当時、東南アジアの遺跡で見つけたとされる壁画がモチーフとなっている。その名の通りランダの顔のようにも見える。壁画に埋め込まれた青、赤、緑の目と鼻の形をしたコアが本体であり、全てを破壊しなくてはならない。侵入者を左右の壁で押し潰すはずだったが、設計ミスで半分しか埋まらない。
シグマステージ3のボス。肉食恐竜型メカニロイド。本来は体長30mの巨大メカニロイドになる予定だったが、シグマの基地が思いのほか早く発見されてしまったため、急遽頭部だけの戦車として作られた。上顎部分と車輪部分に分かれており、体当たり、上顎による押し潰し、巨大エネルギー弾で攻撃する。車輪部分は攻撃を受け付けない。
シグマステージ4でシグマと共に現れる、獰猛な狼型メカニロイド。シグマの忠実なペットであり、最も信頼の厚いガーディアン。その他に裏切り者の処分も任されていたらしい。壁蹴りなどを用いた俊敏な動きを誇り、口から炎やエネルギー弾を吐いて攻撃する。後のX7には、量産型と思われる「ヘルガーダー」というメカニロイドが登場する。
元イレギュラーハンター第17精鋭部隊隊長。エックスとゼロ（当時）の上司。かつてはイレギュラーハンターであり、史上最強と謳われるほどの高い戦闘能力と優秀な頭脳を持ち、多くのレプリロイドから慕われていた。しかし、ある日突然イレギュラー化してしまい、レプリロイドのための世界を創造するために反乱を起こす。
シグマの第二形態。巨大な狼型メカニロイドで、額部分にシグマの顔が付いている。腕と下半身は未完成であるものの、口から吐く炎や電撃、両手から放つ稲妻は非常に強力。シグマはこれが完成したら一気に世界を我が物にする計画を立てていたらしい。特定の攻撃でしかダメージを与えられず、装甲も頑丈な上攻撃力も高いので、ロックマンX史上最強のボスとの声も名高い。
ロックマンX2
弱点：マグネットマイン
カタツムリ型レプリロイド。出自および反乱に加わった理由は不明で、エネルゲン水晶が発掘できる鉱山を占拠、蜂起した。小柄でおっとりした気弱な性格だが、戦闘では敵を水晶に封じ込めてしまう他、一時的に時間の流れを遅くすることもできる。また背負っている殻は強固な防御力を誇り、殻に篭って身を守りつつ空中から相手目がけて体当たりをする。弱点武器で、本体と殻を分離させる事が可能。この時、殻に戻ろうとする本体は段違いに俊敏になる。
弱点：スピンホイール
カニ型レプリロイド。元イレギュラーハンター第6艦隊所属。金に貪欲な守銭奴で、己の私腹を肥やすために反乱に加わる。反乱後は輸送部隊の隊長となり、海底基地からイレギュラーを送り出していた。同じ隊に所属する、ホイール・アリゲイツとは犬猿の仲である。腹部を開いて泡を吹き付ける他、自らを泡に包みバリアとすることも出来るが、こちらが上空を通る（縦軸が合うと）バリアを解除して両肩からの巨大なハサミ型の武器で攻撃する習性がある。終盤の再戦時には天井にトゲトラップが配置される。
弱点：ラッシングバーナー
ミノガ型レプリロイド。他のレプリロイドの残骸を吸収する事で成長する、特異な性質を持つ試作型レプリロイド。物事にこだわらない性格で、反乱に加わった経緯も不明。スクラップ工場を制圧し、廃品からイレギュラーを生産していた。戦闘時、最初はスクラップを纏った蓑虫のような姿だがスクラップの吸収ごとに徐々に肥大化し、最大サイズまでスクラップを吸収するか、その前に一定のダメージを与えると脱皮して成虫の姿になる。蓑虫状態ではスクラップ片を撒き散らしたり、自分に取り込んで攻撃に使用。蛾の状態では空を舞いながら鱗粉撒き散らしとレーザーで攻撃する。
弱点：ストライクチェーン
ワニ型レプリロイド。元イレギュラーハンター第6艦隊副隊長。その凶暴な性格ゆえ、任務中に仲間のハンターを傷付け、裏切り者として追われていた。反乱に加わったのも己の破壊願望を満たすのが目的であり、恐竜型巨大陸上空母を意のままに操って、都市を蹂躙していく。戦闘では泥状の液体が波打つ部屋で水面下に潜み、突如足元から噛み付いてくる他、両肩から発射するホイールやドリル状に錐揉み回転しての突進など、壁蹴りなどで逃げられても対応可能な攻撃も持つ。こちらの攻撃を食べて吐き返すこともある。
弱点：クリスタルハンター
ダチョウ型レプリロイド。元々は第7空挺部隊所属だったが事故で飛行能力を失い、引退していた。その高性能の脚力に目を付けたシグマによってその実力を再評価され、シグマの計画に参加する。自分の新たな能力を見出してくれたシグマに感謝しており、ミサイル発射基地を占拠、その照準をイレギュラーハンター基地に向けた。脚力を活かした高速突進や蹴りでエックスを吹き飛ばす他、赤い衝撃波を飛ばしてくる。
弱点：ソニックスライサー
気象コントロールセンターを占拠しているヘチマ型レプリロイドで、『X』シリーズでは初の植物型ボス。シグマの工場で製造されたが、性格に問題のある失敗作で、常に陽気で無邪気な子供っぽい（ゆえの残酷さを持つ）性格。シグマに与えられた遊び場である気象コントロールセンターで天候を気ままに変えて遊んでいる。蔓型のチェーン（ワイヤー）を多様に扱う他、ライフエネルギーが一定量減少すると真っ赤になって周囲に落雷を起こす。この時自らにも落雷し、攻撃力を上げる。因みに弱点武器でとどめを刺すと、胴体が真っ二つになるという演出がある。
弱点：スクラップシュート
ムカデ型レプリロイド。イレギュラーハンター第0特殊部隊、通称「忍び部隊」の所属だったが、任務中シグマに拉致され、洗脳されてしまう。超大型コンピューターセンターを制圧し、シグマウイルスを送信していた。任務であれば仲間でも躊躇い無く破壊する冷徹な性格。姿を消してテレポートする、手裏剣を投げつける、天井に逆さに張り付くなど、忍者を思わせる攻撃を仕掛けてくる。尻尾は複数に分離して遠隔操作が可能。また接合状態ではこの尻尾からウィルスを注入し、相手の能力を封じることができる。弱点武器で攻撃すると尻尾が破壊され、尻尾を使った攻撃ができなくなる。
弱点：バブルスプラッシュ
シカ型レプリロイド。シグマが所属していた頃の第17精鋭部隊隊員。負けず嫌いな性格。前回のシグマの反乱ではブーメル・クワンガーらと共にシグマの元に参じ、反乱終結後に行方不明となっていた。火山を噴火させて火山灰で地球に降り注ぐ太陽光線を遮断、地球を氷河期に陥れる計画の実行を進める。鹿の角に相当する部分から常に炎を噴き出しており、戦闘では両の拳や全身にも炎を纏って、三角跳びや様々な炎の拳撃で戦う。纏う炎は一定の状況下で青白くなり、より高い戦闘力を発揮する。終盤の再戦時では最初から青白くなっている。
カウンターハンターステージでは、「ネオ・バイオレン」としてパワーアップする。
カウンターハンターステージでは、巨大な兵器「サーゲスタンク」に搭乗してエックスに挑む。縦に並ぶ4門の砲台から、それぞれバウンド弾、ブーメラン弾、誘導弾、レーザーを発射する。そして砲台が破壊されても、露出したコクピットから分裂弾を放って攻撃可能。
カウンターハンターステージでは、空中からの攻撃に特化した「アジールフライヤー」という全く異なる形態で現れる。
敵として戦う場合、エックスのフルチャージの攻撃をも上回る三段攻撃「ダブルチャージウェーブ」を一瞬の溜めで放てる他、ダッシュしながらの斬撃や、地面を殴って広範囲に破片をまき散らす「アースクラッシュ」などの数々の強烈な技を繰り出してくる。
また実体を以てエックスの前に現れるのは終盤だが、本作のボスキャラクターの経歴の中には、シグマが関与しているものも多数存在する（シグマが彼らに関与した具体的な時期は不明）。
両腕に爪を装備し、電撃のような攻撃と織り交ぜて俊敏な攻撃を行う。
そして実体を倒されてもなお、立体映像のような姿となって襲い掛かってくる。
ロックマンＸ３
弱点：フロストシールド
ドップラー軍団所属。タツノオトシゴ型レプリロイド。大都市の水源である巨大ダムを占拠し、人々の生活を脅かしている。ずる賢く卑怯なエゴイスト。リキッドメタルという液体金属で作られており、体の一部を強酸にして飛ばしたり、全身を液状化してこちらの攻撃を無力化することが可能。
弱点：バグホール
スズメバチ型レプリロイド。元イレギュラーハンター第0特殊部隊の副隊長であり、ゼロの部下にあたる。慎重に任務を遂行するクールガイ。ドップラーからの招待状がゼロに届いた時、多忙だったゼロの代わりにドッペルタウンに訪れ、その際にイレギュラー化させられる。名前の通りの小型のハチ型爆弾を駆使し、相手を追い詰める。なお、このステージをクリアすると、一部の雑魚キャラクターが弱体化し、とあるステージの物資コンテナが消滅する。
弱点：トルネードファング
発電用のナマズ型レプリロイド。体内に高性能発電装置を内蔵しており、災害、緊急対策時に移動発電所として活躍していた心優しいレプリロイド。ドップラーにドッペルタウンに招待されイレギュラー化され、性格も豹変し電力管理センターを制圧した。このステージをクリアすると、あるステージの電力供給に影響が出る。
弱点：トライアードサンダー
戦闘用小海老型レプリロイド。手をつけられないほど凶暴で、ワガママ。敵味方関係なく攻撃する為に封印されていたが、シグマの手によって目覚める。反乱後は造船所を占拠した。外見からわかるとおり、攻撃パターンの殆どはそのハサミによるものだが、侮れない攻撃力を持つ。
弱点：スピニングブレード
トラ型レプリロイド。冷静で知能も高く、真面目でクールな性格。太陽光をエネルギー源とし、ジャングルに数少なく残る野生動物を密猟者から守っていた。ドップラーの手によりイレギュラー化した後はジャングルを前線基地とした。身軽な動きで獲物を追い詰める他、腕のレーザークローはこちらの攻撃の防御にも使用する。
弱点：レイスプラッシャー
元イレギュラーハンター第17精鋭部隊所属。カブトムシ型レプリロイド。兄弟レプリロイドで、兄であるブーメル・クワンガーを破壊したエックスを恨み、姿をくらます。エックスに復讐する絶好の機会としてドップラー博士の反乱に加わり、空軍の空母を奪取した。ブラックホールを操る能力を持つ。
弱点：パラスティックボム
バッファロー型スキー場整備用レプリロイド。絶対零度の中でも活動できる。ドップラーにドッペルタウンに招待されイレギュラー化。某都市を氷結し機能をストップさせる作戦を指揮した。元は穏やかな性格で、素手で氷アートを作成する芸術家でもある。なおX4のフロスト・キバトドスのステージでは、氷づけになっている姿を見せている。また「氷のトラップを設置して相手の逃げ道を塞いで突進する」という戦法はキバトドスと酷似している。
弱点：アシッドラッシュ
エネルゲン水晶採掘用サイ型レプリロイド。右腕のドリルを誇り仕事を愛する者だったが、ドップラーにドッペルタウンに招待され、破壊欲に忠実なイレギュラーになってしまう。攻撃パターンは他のボスと比べて単調だが、時々フェイントをすることもある。
前回の戦いで消滅したと思われていたが、彼の正体であるシグマウイルスという悪性のプログラムウイルスとして、Dr.ドップラーを洗脳し支配下に置くことで暗躍する。最後にはDr.ドップラーに研究、開発させていた究極のボディを纏い、「カイザーシグマ」としてエックスに立ちはだかる。
ロックマンX4
弱点：ツインスラッシャー
クモ型レプリロイド。元イレギュラーハンター第0特殊部隊（別名：忍び部隊）所属でゼロの元同僚（ゼロは第0部隊移籍と同時に隊長となっている為、元部下が妥当か）だったが、現在ではレプリフォースゲリラ部隊隊長。開戦後はジャングルの奥でビーム兵器の警備を担当。特殊武器「ライトニングウェブ」を発射して攻撃してくる他、巨大な網を張って自由に動き回ることもできる。エックスでの弱点武器は、本体を狙わずにある事をすると大ダメージが期待できる。
弱点：ライジングファイア
レプリフォース陸軍所属。トド型（外見上のモチーフはセイウチ）のレプリロイド。イレギュラーとして処分されそうになっていた所をジェネラルに拾われる。暴れることしか考えない、デカイ図体の単細胞。冷気を操って氷柱を自在に作りだす能力を持つ。レプリフォースが反乱を起こした事を大いに歓迎しており、無用な暴力行為を平然と行っている。なお彼のステージの背景では氷付けにされたフローズン・バッファリオ（スタート地点）、アイシー・ペンギーゴ（中ボス戦）を確認できる。
弱点：フロストタワー
エイ型レプリロイド。レプリシーフォース（海軍）所属。軍人であることに誇りを持ち、カーネルやジェネラルを尊敬している。開戦後、レプリシーフォースを率いて都市の地下動力炉を破壊。混乱に陥れた後、港湾施設に立て篭もろうとしたが、エックス・ゼロの追跡に遭い、迎え撃つことになる。加速をつけての高速突進のほか、特殊武器である小型のエイ型メカ「グランドハンター」や水流を起こして戦う。彼のみ他のボスとは異なり、ステージ中盤にも登場する。
弱点：エイミングレーザー
フクロウ型レプリロイド。レプリフォース参謀本部所属で、知略戦においてはレプリフォース中随一のレベルを誇る将校。開戦後は反乱派のレプリエアフォース空中艦隊を率いて参加し、陽動作戦を展開している。レプリフォースこそが最強のレプリロイド軍団である事を頑なに信じており、自分達をイレギュラーだとの認識を捨てない人間達、また、それに味方をするイレギュラーハンターにも激しい敵意を抱く。戦闘時は特殊武器「ダブルサイクロン」や3方向への羽根型弾、竜巻といった飛び道具のほか、急降下からの鷲掴み攻撃も仕掛けてくる。
弱点：グランドハンター
ライオン型レプリロイド。レプリフォース陸軍所属。見た目通り乱暴な性格で、「大暴れしたかったから」という単純な理由で入隊したが、兵士としての能力を認められ一指揮官に昇進。開戦後、補給部隊の輸送列車の守備任務に着いている。弱い敵や軟弱な部下を嫌う。双方向に放たれる特殊武器「ツインスラッシャー」を除けば、多くはその膂力を生かした攻撃がメイン。
弱点：ライトニングウェブ
生物研究所（バイオラボラトリー）管理用キノコ型レプリロイド。バイオラボラトリーの破棄と同時に処分されたが、シグマの手によって甦り、調査に来たエックスとゼロの相手をするように命令を受けていた。特殊武器である分身「ソウルボディ」を作り出して相手を幻惑するトリッキーな戦法を行う。性格は子供のように無邪気だが、それ故に無意識下の残酷さも持ち合わせる。趣味はヒーローごっこ。
弱点：ダブルサイクロン
ドラゴン型レプリロイド。イレギュラーハンター第14特殊部隊の隊長。突如ハンター本部を脱走、レプリフォース側に加担した。素手による体術を極めた武道家で、イレギュラーハンターとしての実力も指折りであり、上層部からの信頼も厚かった。その一方でエックスやゼロとは以前から格闘技者として「命を賭けて本気で戦いたい、そして勝ちたい」という欲望を抱いており、その気持ちをシグマにつけいれられる。スカイラグーンの浮遊装置を破壊し、落下させた張本人。「波動拳」「昇龍拳」といったストリートファイターシリーズのリュウに酷似した技を使う。
弱点：ソウルボディ
クジャク型イレギュラー。女性のような口調が特徴。正確にはレプリロイドではなくコンピュータプログラム。ハッカーからネットワークを守るガードプログラムだったが、シグマの手によって高慢な無差別攻撃プログラムと化す。プライドが高い性格で、シグマからエックス・ゼロの調査を依頼されていたが、2人の潜在能力を完全に測定することはできず、クジャッカー自身も驚いていた。瞬間移動で相手を翻弄しつつ、特殊武器「エイミングレーザー」での追尾攻撃を行う。
ゼロルートでは、アイリスによる平和的解決の願いに悩んでこそいたものの、しかし最後まで自分の信念を押し通し、戦えば無傷では済まないとわかっていても旧友ゼロと激突して戦死した。
エックスルートでは2度戦うが、自らを遥かに凌駕するエックスの潜在能力を見抜けずに戦死した。
平和を愛する優しい心の持ち主であるが、彼女もまた間違いであると感じながらも、ジェネラルやカーネルの理想である「レプリロイドだけの世界」に共感を抱きつつあった。
そして、兄のカーネルがゼロに倒されたのを知った彼女は、絶望と悲しみのあまり司令部を去り、レプリフォースの元へ向かってしまう。
回収したカーネルのデータチップを使い自らの封印を解くが、闘争本能に支配されゼロへの謝罪の言葉と兄への想いを告げ、ライドアーマー状のアーマーを装備し、自らの意思で好意を寄せていたゼロに復讐の対象として襲い掛かった。
しかしイレギュラーハンターとしての彼は偽りの姿であり、その正体はシグマが作成した形状記憶液体金属製のスパイ活動用レプリロイド。そのおっちょこちょいで人懐こい性格も、エックスの性格を完全に分析し、彼が最も信頼できる人格として完成された偽りのものである。
レプリフォース大戦時に様々な情報操作を行い、イレギュラーハンターとレプリフォースの対立を煽る役を担った。その後、最後の始末としてレプリフォースの宇宙要塞に進入したエックスを待ち伏せし本性を剥き出しにして戦うが敗れる。
各地でレプリフォースのクーデターが相次いで勃発し、レプリフォース組織全体がイレギュラーとして認定される。
クーデター勃発後は占領したコロニーレーザー=ファイナル・ウェポンに向かい、そこで戦争の指揮を取っていたが、その後乗り込んできたエックス、ゼロと交戦し大破。直後、ファイナル・ウェポンがシグマに悪用され、照準が地球に向けられていることを知り、自らのボディを用いて破壊した。
本作のシグマは3段階と過去最多の連戦であり、かつ最終形態は2体に分かれている。
ロックマンX5
弱点：スパイクロープ
ツキノワグマ型レプリロイド。オリハルコンを所有。戦利品を売買しているブローカー。以前は強い相手と戦い武器を勝ち取ることに生き甲斐を感じていたが、最近では商業活動（武器の横流し）の方が忙しいらしい。イレギュラー時代のゼロと戦い敗北し、右目を失って以来、ゼロを恨んでおり彼に対しては敵意剥き出しだが、逆にエックスの事は尊敬していたようで、自我があるうちにエックスと戦いたいと思っている。片腕をクロー、ドリルに使い分け、戦闘の進行により3段階の攻撃パターンを持つ。
弱点：ジェルシェイバー
イカ型レプリロイド。エネルギーカートリッジ所有。職務内容に疑問を抱きイレギュラーハンターを辞職した後、エネルギー工学の研究職に就き平穏に暮らしていた。ハンター時代、イレギュラー化して破壊されたランチャー・オクトパルドとは親しかった。男性型だが女性の様な喋り方をしており、ゼロはその口調を苦手としていたが、イレギュラー化すると口調が荒々しくなる。3本の触手から、様々な陣形で高電圧を繰り出す。
弱点：トライサンダー
蛍型レプリロイド。レーザー工学の権威。レーザー装置を所有。姿も口調も老人派。ただ、自分の研究が兵器に利用されるのを恐れ、最近は彼の研究成果を目に見る事が少ない。イレギュラーハンターのやり方に疑問を抱いており、エックスたちには非協力的。しかし、今でも解析されていないエックスとゼロのボディには興味を抱いており、戦いを挑む。自身の趣味により、ラボの外見を城塞にしている。武器はホタル型の誘導ミサイルや、尻の発光器から放たれる極太のレーザー。
弱点：クレッセントショット
マッコウクジラ型レプリロイド。エックスやゼロとは面識があったようだ。海洋博物館館長を務めると同時に海上警備隊隊長でもある。レプリシーフォースとは仲が悪い。ミサイルを装備しているが、主力武器は口からはブロック状、頭部からは高水圧を持つ液体状で発射される特殊ジェルである。過ちだと理解しつつ海を守ろうとしており、水素確保に必要な海を求めるエックスたちと戦闘になってしまう。
なお、このボスのいるステージは『X2』に登場するボス、バブリー・クラブロスのステージ曲が使用されている。
弱点：ダークホールド
ペガサス型レプリロイド。生真面目で正義感あふれる性格のレプリエアフォースの若き長官。若い故に情熱余って失敗をおかすことも時にはある。戦死したカーネルを師と仰いでいて、今でも忘れられないでいる。しかし、レプリフォース軍人としては若年ながら直情径行というわけでもなく、イレギュラー状態に陥っていない場合はジェネラルやカーネルの仇であるエックスやゼロと相対しても、少なくとも表面上は冷静に応対し、恨んでいないと口にするなど思慮深さを感じさせる様子。イレギュラー状態でゼロと対峙すると、アイリスへ好意を抱いていた事が分かる。
弱点：グランドファイア
バラ型レプリロイド。イレギュラーとして処理されかかったレプリロイド、ジャングルの自然のコントロールユニット、シグマウィルスが合体して誕生したようだ。その誕生経緯から、さらなるイレギュラーに進化する危険がある。分身や花びら、茨の塊などトリッキーかつ多彩な攻撃を持つ。
余談だが彼のモデルとなったキャラクターは、漫画『ジョジョの奇妙な冒険part3スターダストクルセイダース』に登場する「花京院典明」である。
弱点：ウイルレーザー
蝙蝠型レプリロイド。3年前にシグマに作られたイレギュラー。隙を見てシグマの前から逃亡するが、シグマ自身も「たいした戦力にはならない」と判断し、無視していた。体力を吸収する吸血攻撃や、ザコ敵を召喚したり、時間を止める能力を持つ。
弱点：ウィングスパイラル
恐竜型レプリロイド。元々は蛮勇で名を馳せたレプリフォース災害対策チームの一員。火山に自分の隠し倉庫を造り、マグマエネルギーを利用した武器などを製造し、暴利を貪っている。見た目から想像できないほど素早い。武器は口から吐く火炎放射や、その巨体を生かしたタックル攻撃など。
ゲームでは2回戦うことになる。エックス・ゼロ両者のライバルとして位置付けられたキャラであり、対エックスの場合はブレードを使った「ツバメ返し」、対ゼロの場合はエネルギー弾を2発同時に放つ「トリックショット」を使用する。
このボスと戦うステージの構成は、『X』のシグマステージ1とよく似ている。
前述の反乱を起こした後、自身は零空間ステージ4「生誕」の最深部に待ち構えており、サイコダッシュ、ヘルスパークを使用してエックス、ゼロに襲い掛かる。また、体力が少なくなるとシグマウィルスを纏い、大ダメージを与えるヘルブレイドを放つ。
ロックマンX6
弱点：アローレイ
森林観測チーム所属。森林保護プロジェクト用トンボ型レプリロイド。ゲイトによって作られた。ある日事故を起こし森林を燃やしてしまう。日ごろの成績が優秀だったため罪に問われることはなかったが、後日ゲイトを嫌う何者かがヤンマークに不正改造を施し、ヤンマークは再び事故を起こし死亡してしまう。ゲイトによって再生され、イレギュラーハンターやレプリロイド研究員への不信感から反旗を翻す。様々なフォーメーションを指示したヤンマーオプションと連携で攻撃する。
弱点：マグマブレード
極寒地開拓チームのリーダー。狼型レプリロイド。凶暴そうな外見とは裏腹に、信頼を勝ち得るだけの責任感と冷静さを併せ持つ。
狼さながらの素早さとトリッキーな動きで翻弄する。
弱点：グランドダッシュ
ホットスポット探査用フェニックス型レプリロイド。元、対活火山噴火の災害対策チーム構成員。高熱に耐えられる高性能なボディを持っているが、その優秀さに反して協調性がまるでなく、短気で自己中心的な性格をしており、チームの仲間達とも仲が良くなかったようだ。
ゲイトによって蘇生されたヒートニックスは、より好戦的で残虐な面を見せるようになり、自らを「最強」と称してエックス達に戦いを挑む。マグマを操ってこちらの行動範囲を狭める能力がある。何故かゼロの攻撃を当てると弱点を当てた時と同じ反応を見せる。
弱点：メテオレイン
リサイクル研究所の管理官。シュモクザメ型レプリロイド。ナイトメア調査員の中では知性派。高度なDNAリサーチ能力を持ち、レプリロイドの残骸を分析・再利用出来るパーツを取捨選択、利用する事が出来る。
戦闘時には過去の作品のボスを再生して攻撃を仕掛けてくる。
弱点：ヤンマーオプション
スカラベ型レプリロイドで、今回の8大ボスでは唯一ゲイトの製作したレプリロイドではない。自称、「トレジャーハンターにして考古学者」。遺跡荒らしとしてイレギュラーハンターに指名手配されていたが、本人は至って研究熱心なだけであって悪気があった訳ではないらしく、エイリアからも「単なる遺跡荒らしとは違う」と評されていた。ゲイトに古代遺跡や古代ロボットの学術データと引き換えに保護を依頼し、彼の専属調査員となり、パワーアップも施されていた。
小型で素早いながらも怪力の持ち主で、巨大な岩を蹴り上げて攻撃する。
弱点：アイスバースト
かつては水質改善チーム所属の、水陸両用巨大カメ型レプリロイド。ゲイトが開発した。巨大な外見だが温厚な性格で、シグマと何度も激突して世界を救ったエックスやゼロの事を、同じレプリロイドとして尊敬していた。酸性雨を物ともしない特殊合金で造られた甲羅シールドを装備し、汚染された立入禁止区域も調査可能。
その圧倒的な防御力を持つ甲羅の内部に強力な重火器を大量に仕込んでいる。
弱点：メタルアンカー
二枚貝型レプリロイド。各種研究機関の所長等の警護にて、抜群の働き振りを見せ高い評価を受けていた。ジム博士というレプリロイドの警護にあたっていた際、ジム博士がイレギュラー化したため、やむなくこれを処分。しかしそのことで今度はシェルダン自身がエックスやゼロの部下にイレギュラーと誤解され、責任感が強いあまり自害してしまう。
その後再生され、調査員としてエックス達と対峙。この際、原因はあくまで任務を果たせなかった自分にあり、エックスやゼロを恨んではいない事を告げる。元々要人護衛の職務のため、圧倒的な防御力を持つ。
弱点：ガードシェル
ミジンコ型レプリロイドで、非常に高い情報処理能力を生かし、有人型巨大兵器開発テストパイロットを勤めていた。確かに優秀であるが、非常にわがままで、口調に癖がある。
テストプログラムを無視しがちだった為に仕事仲間との喧嘩が絶えず、遂には事故に見せかけて処分されてしまった。ナイトメア調査員として蘇った後は兵器開発所を占拠、過去に自らが試験運用を行った巨大機動兵器「イルミナ」をナイトメアウイルスの力で暴走させる。戦闘では分裂したり耐久力が高い泡をいくつもばら撒いて相手を追い詰める。また、弱い攻撃だと回復されてしまう。
戦闘では、倒すのに特殊な手順（Xなら「チャージショット後に特殊武器」もしくは「シャドーアーマーの円月輪」、ゼロなら「必殺技後に攻撃」）が必要で、状況によっては手詰まりになる可能性もある。
偶然拾ったゼロの欠片から戦闘用レプリロイドのハイマックスやナイトメアウイルスを造り出し、更には自らのボディをナイトメアウイルスの力を応用して洗脳、戦闘用に改造する事で、優秀なレプリロイドだけの世界を作ろうとした。シグマウイルスとゼロDNAデータの構造が酷似している事に気づき、興味本位でプログラムを組み立てていると、完全に消滅したシグマが復活を始めてしまった。
なお、このシグマとの戦闘で流れるBGMは、秘密研究所3（最終ステージ）のBGMを使用している。
弱点：ファイヤーウェーブ
ペンギン型レプリロイド。元第13極地部隊所属の特A級ハンター。その異名通り吹雪や氷を使った攻撃方法を得意とする。特殊武器「ショットガンアイス」は氷の弾を発射する武器であり、必殺技のスライディングは氷上を無敵状態で滑走する技である。退屈な極地暮らしに飽きており、シグマの計画を知ると当時の13部隊隊長を殺害し、シグマの反乱軍へと身を投じる事となる。小柄だが負けん気は非常に強く、バーニン・ナウマンダーとは犬猿の仲だった。身長163cm、体重108kg。